Müller hrá za Bayern od roku 2008, teda od začiatku svojej profesionálnej kariéry. V rozhovore pre britský The Times však prezradil, že nie je pevne zakorenený v klube a môže napodobniť Thiaga Alcantaru, ktorý po dlhých rokoch v Bayerne zamieril do Liverpoolu.
“Miloval som Bayern skôr, ako som za neho začal hrať. No keď nastane situácia, že bude možno lepšie pre mňa hrať v inom klube, nebude to pre mňa problém. Nie je to hanba, nie som s klubom zviazaný,” vyhlásil tridsaťjedenročný stredopoliar.